近日，中国水产科学研究院鳜鲈基因组学与选择技术创新团队联合华大海洋在大口黑鲈遗传育种研究上取得新进展，研究论文“Whole-genome resequencing reveals recent signatures of selection in five populations of largemouth bass (Micropterus salmoides)”发表在TOP期刊《Zoological Research》（IF6.975，Q1）上。文章首次开展大口黑鲈遗传选育对基因组层面的影响研究，通过对五个群体的群体结构、亲缘关系与选择信号的比较分析，探索遗传改良的印迹。该研究受广东省重点领域研发计划项目、现代农业产业技术体系建设专项（CARS-46）和水科院科技创新团队项目等的支持。孙成飞副研究员和张新辉博士为论文共同第一作者，叶星研究员和石琼研究员为论文共同通讯作者。
大口黑鲈原产于北美洲。20世纪70年代末中国台湾从美国引进并于1983年人工繁殖获得成功，同年从台湾引入广东省，随后在中国多个省市与地区推广养殖。因此大口黑鲈经历了从美国野生群体到台湾养殖群体，再到中国大陆的逐步驯化与繁养殖，以及随后经选择育种形成多个选育群体的过程。近年来团队与广东佛山新荣水产有限公司合作，经过连续5代的选育培育了“加得丰”鲈新品系，选育效果明显。为了破译大口黑鲈驯化的遗传基础，了解定向选择对物种基因组产生的影响，本研究对5个大口黑鲈群体，包括美国的野生群体、中国台湾养殖群体、中国大陆驯养与选育群体（加得丰选育群体、优鲈选育群体和普通养殖群体）进行基因组重测序、群体遗传学分析和选择信号定位分析。LD（连锁不平衡）和遗传多样性分析结果表明，中国大陆4个群体经历了更严格的遗传选择。通过选择性信号分析，在大口黑鲈基因组中确定了数百个选择性信号区域，并从中筛选到103个相关基因，其中有多个基因与生长（如psst1和grb10）、早期发育（klf9、sp4和sp8）和免疫（pkn2、sept2、bcl6和ripk2等）相关。本研究提供了大口黑鲈在全基因组水平上的遗传变异和选择信号，为深入了解遗传改良的分子机制提供了新见解，同时为大口黑鲈重要经济性状的进一步改良提供理论依据。
文章链接：https://www.zoores.ac.cn/en/article/doi/10.24272/j.issn.2095-8137.2022.274
图1 大口黑鲈基因组部分受选择的区域及相关基因
